L'histoire du sanctuaire Shinkoku remonte au règne de l'empereur Yuryaku (fin du 5ème siècle) lorsque Mononobe no Omuraji a consacré son ancêtre Nigihayahinomikoto. Après cela, la famille Monobe no Karakuni no Muraji a protégé le sanctuaire Shinkuni, et il a fini par être appelé « » Sanctuaire Karakuni.'' Pendant la période Muromachi, Motokuni Hatakeyama, le gardien de Kawachi, a fait don de 200 koku et a consacré le dieu de Kasuga depuis le sanctuaire Kasuga Taisha à Nara. Plus tard, à l'époque d'Oda Nobunaga, le sanctuaire fut détruit par des tirs militaires et en 1908 (Meiji 41), le sanctuaire voisin de Nagano fut également consacré. Par conséquent, les trois divinités consacrées sont Nigihayahinomikoto, le fondateur du clan Mononobe, Amenokoyane-no-mikoto, le dieu de Kasuga, et Susano-no-mikoto. La longue approche du sanctuaire est couverte d'arbres et a été sélectionnée comme l'un des « 100 meilleurs verts » de la préfecture.